虽然管风琴作品长久以来一直埋没在李斯特所创作的近七百部浩浩荡荡的钢琴作品中而不为人所重视，但在历史音乐文献充分被发掘的今天，它们作为浪漫主义时代产物的重要意义和价值开始被专业人士所察觉。除了向迈耶贝尔致敬的众赞歌外，这些管风琴作品大多以巴赫为楷模，如《“哭泣、抱怨、担忧、犹豫”主题变奏曲》(改编自巴赫康塔塔BWV12)，李斯特逐渐趋向内省的理性精神也逐渐取代了他在钢琴上的华丽炫耀，这点在题献给A・S・Gottschalg的《西斯廷教堂追忆》中体现得尤为明显，该作品主题来自梵蒂冈的西斯廷礼拜教堂每年耶稣受难节时，在圣餐仪式上所演唱的格雷戈里奥创作的《求主怜悯》。早在1730年，这部九声部赞美诗就在英国管风琴家查尔斯・伯尼(CharlesBurney)热心推广和宣传下迅速在欧洲家喻户晓，同样也是这部作品，年仅十四岁的莫扎特正是在听过它两遍之后就能凭借头脑记忆迅速准确地通篇默写出来而震惊了整个欧洲音乐圈子。李斯特在《西斯廷教堂追忆》中间部分为缅怀莫扎特，还特意动情地引用了莫扎特创作的《经文歌》作品中的主题旋律。
在《前奏曲与赋格》(以B-A-C-H的旋律为素材)中，李斯特运用了键盘上每一个琴键，为处理给定的主题以及材料的变化可能性而彻底发掘了全音阶的和声功能。今天对这部作品的研究显示，在所有清楚、明确的中心功能音被瓦解后，前奏曲中的每一个音符却都遵循着内在的、令人信服的和声对位关系而发展运动，然后进入彼此交织、斗争乃至汇合的赋格部分。这种创作技法既无处不贯彻了中心围绕的原则，又完全分散、弱化了和声功能音的中心地位，从根本上违背了当时传统的赋格与和声的作曲技术原则―――如此前卫的技法指向的是一个新的世界，甚至直接延伸、渗透到我们现在所处的这个时代.
